با هدف توسعه نظام آموزشی و پژوهشی، مؤسسه عالی آموزش و پژوهش برنامهریزی در سال ۱۳۸۱ و در پی ادغام مرکز آموزش مدیریت دولتی و مؤسسه عالی آموزش و پژوهش برنامهریزی و توسعه شکل گرفت. در این مقطع، فعالیتهای آموزشی کوتاهمدت عمدتاً محدود به دورههای بهبود مدیریت بود و این دورهها بهعنوان بخشی از مأموریتهای مؤسسه، تا زمان جدایی مرکز آموزش مدیریت دولتی از مؤسسه ادامه یافت.
با انفکاک مرکز آموزش مدیریت دولتی، این وظایف به آن مرکز منتقل شد و دورههای تخصصی بهبود مدیریت در شرح وظایف جدید آن جای گرفت. با گذشت زمان و در راستای بازتعریف نقش مؤسسه در حوزه آموزشهای تخصصی، اداره کل آموزشهای کوتاهمدت در سال ۱۳۹۱ به ساختار سازمانی مؤسسه افزوده شد و به تصویب هیأت امنا رسید. از این سال، فعالیتهای آموزشهای کوتاهمدت مجدداً در مؤسسه آغاز شد، تا با رویکردی نوین و مبتنی بر نیازهای روز سازمانها و مدیران کشور، دورههای متنوعی را طراحی و اجرا کند.
این مسیر تحولی نشاندهنده نقش کلیدی مؤسسه در توسعه نظام آموزشی، ارتقای مهارتهای مدیریتی و تقویت تخصصهای حرفهای در سطح کشور است.