این اداره مسئولیت کلیه پرداخت­های موسسه (پرسنلی و سایرین) تا مرحله اعمال به حساب ذینفع را عهده دار بوده و از نظر ساختار سازمانی دارای یک رئیس اداره و 2 نفر کارشناس می­باشد. که هم اکنون با توجه به حجم وظایف با سه کارشناس و یکنفر تحصیلدار اداره می­شود. اهم وظايف اداره مزبور به شرح ذيل اعلام مي‌گردد.

وظایف و فعالیت­ها :

1. كليه پرداخت­هاي پرسنلي از قبيل حقوق و مزايا، اضافه كاري، فوق‌العاده مديريت، هزينه سفر و نقل و مكان، بازخريد سنوات خدمت، بازخريد مرخصي استحقاقي، پاداش سنوات پايان خدمت، ساير پرداخت­ها و مطالبات و ديون

2.صدور اعلامیه فيش حقوقي بصورت دستی و مجازی.

3.صدور گواهي حقوق و گواهي ضمانت وام جهت پرسنل رسمي، پيماني و قرارداد انجام كار مشخص براي كليه بانكها، صندوقهاي قرض‌الحسنه و بنگاههاي اقتصادي در چارچوب ضوابط تعیین شده.

4.مفاصاحساب حقوقي براي كليه اعضا، مامورين و شرکت­ها.

5.اعمال كسورات براساس نامه­هاي دريافتي از مراجع قضائي و موسسات مالي.

6.مکاتبات با اداره دارايي جهت پرداخت ماليات مکسوره و ضبط و نگهداري فيش­هاي مربوطه و استرداد آن در صورت درخواست طرف قرارداد و يا مراجع ذيصلاح .

7.مکاتبات با سازمان تامين اجتماعي جهت شرکت­هاي طرف قرارداد با موسسه.

8.اصلاحات و كسورات مربوط به بيمه خدمات درماني و تامين اجتماعي اعضاء.

9.صدور كليه چك­ها براي همه حسابهاي موسسه.

10.كليه مكاتبات مربوط به دريافت و پرداخت، ارسال كليه چك­ها به حساب­های ذينفعان و اطلاع رساني به آنها.

11.ثبت کليه چک­ها در دفاتر مربوطه و مانده گيري حساب­هاي مربوطه.

12.گزارش عملکردي کليه دسته چک­هاي مصرف شدهو رفع مغایرت­های بوجود آمده. 

13.افتتاح و تغيير امضاء کليه حسابهاي موسسه و نگهداری سوابق آنها.

14.تنظيم گزارشات عملکردي کليه قراردادها به استثناء قراردادهاي عمراني، تحقيقاتي و پژوهشي.

15.پرداخت به موقع در همه امور ارجاعي.

16.پاسخگويي مناسب به ارباب رجوع و پرسش كنندگان.

17.مطالعه قوانين و مقررات مالي و اظهار نظر در مورد نحوه اجراي آنها به مقام مسئول.

18.نظارت و کنترل لازم  بر صحت اسناد صادره.

19.حفظ و حراست از دسته چک­ها و اوراق بهادار.

20.سایر امور ارجاعی از سوی مدیریت.